流式細胞分析的幾個基本功能使其成為一個研究細胞外囊泡等奈米顆粒的CytoFLEX流式細胞儀的分辨率能夠檢測出80 nm聚苯乙烯顆粒。這促進了表型背景下的生物奈米顆粒分析。

由於被檢測的粒度小於檢測時使用的光的波長，所以透過流式細胞分析檢測亞微顆粒變得愈發困難。這種關係在Mie理論和瑞利散射的方程式中相互反射，這兩個方程式用於計算理論上由顆粒所產生的光散射，而這些（伯倫和霍夫曼，2010年）。

此外，在進入不同折射率的介質時，光波會發生折射，其折射源就是一種與光的波長成反比的新介質，從而使其相對的波長具有比較大波長更高的折射。這種效應最初由艾薩克·牛頓發現，當他使用棱鏡將白光分散成各種彩色光帶時發現紅光折射率最小，而紫光折射率最大（請參見圖片）（牛頓，1704年）。

CytoFLEX平台的流式細胞儀特色在於能夠測量紫外線和藍色雷射的側向散射光。這增加了樣本內可檢測到和可分析的顆粒範圍。 405 nm）波長會產生比藍色（488 nm）波長更長的光散射，並且將會使分辨率的範圍增加，比透過標準側向散射可以檢測到的顆粒更小的顆粒。  

使用紫光將有助於放大顆粒在周圍介質之間的折射率差異，並且反過來增加檢測到具有替代折射率的顆粒的能力，例如胞外體，微泡和二氧化矽奈米粒子。

Bohren，CF和Huffmann，DR（2010）。小顆粒吸收和散射光。紐約：Wiley-Interscience。

牛頓，I。（1704）。視線：或者是反射，折射，彎曲和光色的論文。還有關於曲線圖形的種類和大小的兩篇論文。倫敦：塞繆爾·史密斯（Samuel Smith）和本傑明·沃爾福德（Benjamin Walford）（皇家學會的印刷商）。