病毒 RNA 萃取效能數據
RNAdvance Viral 與 RNAdvance Viral XP
RNAdvance Viral 試劑組是基於 SPRI 磁珠技術為底的核糖核酸（RNA）分離化學試劑。經證實，SPRI 技術萃取高純度的 RNA，可用於高達 200µL 的唾液或鼻咽拭子樣品保存液。該技術可在單個試管中或 96 孔盤上進行，並可靈活地在各種液體處理平台上實現自動化操作。萃取病毒 RNA 首先從各種樣品中溶解病毒外殼，包括唾液樣本及鼻咽拭子樣本。溶解後，磁珠結合 RNA；然後進行洗滌，將包括將擴增抑制劑在內的污染物沖洗乾淨。
- 產生適用於下游基因表達分析技術（如 qRT-PCR 與 NGS）的高質量 RNA
- 靈活的 SPRI 技術適用於液體處理設備處理大量樣本。
- 檢測極限 (LoD) 顯示為 1 拷貝數/μLL
RNAdvance Viral 從唾液樣本及鼻咽拭子樣本進行萃取的效能 - 分析效能
表 1. 從加有 1 和 2 拷貝數/µL 濃度 Exact Diagnostics SARS-CoV-2 標準品的樣品保存液中萃取 RNA ，並一式四份運行。透過 qRT-PCR 評估 N1、N2 和 N3 基因的 Ct 值。含有 1 拷貝數/μL 和 2 拷貝數/μL 標準品的樣本 Ct 值相當，且其 LoD 經確定為 1 拷貝數/μL。
圖 1 從 5 個唾液樣本和 5 個加有 1 拷貝數/μL SARS-CoV-2 分離株的 Healthlink UTM 收集管中萃取 RNA，一式三份。透過 qRT-PCR 評估 N1、N2 和 RP（未顯示）基因的 Ct 值。與 UTM 樣本相比，唾液樣本的平均 Ct 值較低（1～2），變異性較小，N1 和 N2 的 SD 值分別為 0.85 和 1.78。
樣品保存液的 RNAdvance Viral XP Extraction - 分析效能
*因無法測出，故平均 Ct 值未算出。
表 2. 從 SeraCare 陽性對照品（AccuPlex™ SARS-CoV-2 參比品試劑組）中萃取濃度為 0.3、1 和 3 拷貝數/μL 的 RNA，一式三份使用 RT-PCR 進行擴增。所有濃度高於 1 拷貝數/μL 的預設陽性樣品均呈陽性，證實 LoD 為 1 拷貝數/μL。
RNAdvance Viral 試劑組為下游 RT-PCR 工作流程提供穩定的工作效能。
圖 2 （如左）使用 RNAdvance Viral XP 和 Competitor Column Based 萃取試劑組從 3 個已知陽性和 3 個已知陰性的 SARS-CoV-2 樣品中萃取 RNA。將 N1、N2 和 RP 基因的 RT-PCR Ct 值取平均值。誤差條代表樣本 Ct 值的標準差。（如右）使用 RNAdvance Viral 或競品磁珠試劑組手動萃取 RNA。使用 SARS-CoV-2 N1、N2、N3 和 RP 基因的混合引子，透過 qRT-PCR 測定 Ct 值，結果顯示其 Ct 值相當。在 0.2 拷貝數/μL時 ，兩試劑組均顯示 Ct 值未確定，顯示 LoD 為 0.2-2 拷貝數/μL。
RNAdvance Viral 圖像化工作流程
- LBF 和蛋白激酶 K 中的溶解組織
- 將 RNA 與磁珠結合
- 將磁珠與污染物分離
- 使用 WBE 清洗磁珠
- 使用 70% EtOH 清洗磁珠
- 從磁珠中洗脫 RNA
- 轉移至另一個細胞培養盤上
感染價測定 (TCID50) 研究證實溶解 (LBF) SARS-CoV-2 去活化。
將 SARS-CoV-2 病毒與 LBF 混合，在室溫下培養 20 分鐘、60 分鐘或 60oC 下培養 20 分鐘。病毒-LBF 混合物經過過濾和離心，用 PBS 置換 LBF，以避免細胞毒性反應。將該混合物稀釋 10 倍後接種細胞。表 3 中對 TCID50/mL 進行了計算，結果說明 LBF 可有效去活化 SARS-CoV-2 病毒。
表 3. TCID50 檢測數據。在 10-2 稀釋度（相當於 3.16×102TCID50/ml）下，無證據顯示存在由病毒誘導的細胞病變效應 (CPE)。60oC 下將病毒樣本加熱去活化 20 分鐘，所得結果相同。
為進一步確認病毒已去活化，使用 SARS-CoV-2/LBF 溶解混合物接種細胞。培養 5 天後，使用上清液接種初始細胞並計算 TCID50 (10 TCID50/mL)。結果表明，在室溫下使用 LBF 溶解 20 分鐘後，病毒活性降低了 7,940 倍以上，即 >99.987％ 的病毒被有效去活化。
RNAdvance Viral XP 圖像化工作流程
- 溶解 LBF 中的溶解樣本
- 將 RNA 與磁珠結合
- 將磁珠與污染物分離
- 使用 70% EtOH 清洗磁珠
- 從磁珠中洗脫 RNA
- 轉移至另一個細胞培養盤上
可根據樣本批次大小與總體檢測需求，透過手動或自動化工作流程高效地完成 RNA 萃取操作。
表 4. 估計人工操作時間和總時間（小時），需執行 24、96 和 192 次 RNAdvance Viral RNA 萃取。該方法可由人工操作或在液體處理系統上自動化操作。本表數據來自 Biomek i5 核酸溶液。NR=不推薦
產品訊息：病毒 RNA 萃取試劑組
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RNAdvance Viral 試劑組 - 768 次製備 |
RNAdvance Viral XP 試劑組- 1056 次製備 |
RNAdvance Viral XP 被列為一種萃取方法，用於疾病控制中心的 EUA 授權的 COVID-19 檢測（參考 FDA 關於 SARS-CoV-2 檢測的常見問題解答）。除此指定用途外，RNAdvanced Viral XP 僅供研究使用，不用於診斷目的。
RNAdvance Viral 用於學術研究。
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敬請觀看貝克曼庫爾特生命科學與 Integrated DNA Technologies (IDT) 的合作成果，該成果以病毒 RNA 萃取試劑組為特色，可用於 qPCR 樣品的製備。
