SPRISelect 片段篩選試劑組效能和數據

SPRISelect 片段篩選試劑組效能和相關數據

次世代定序 （NGS） 是當今基因體學研究中最普遍的技術。不同的應用有不同的建庫需求，需要靈活的解決方案。而 DNA 片段的大小會直接影響定序數據的有效性。SPRISelect 試劑組目的在於讓操作人員自由選擇需要篩選的片段範圍。該試劑採用技術成熟、業界領先的固相可逆固定 （SPRI） 技術，提供穩定的、可重複的和可自定義的片段篩選功能。

  • 可調整150 到 800 bp 片段篩選範圍，利於調整用於特定應用和定序儀的片段
  • 高效的磁珠技術消除了對凝膠、芯片或特殊儀器的需求
  • 從手動到自動化，可在 96 孔盤中進行高通量處理

 

雙側片段篩選功能

左側片段篩選可移除小於目標片段的 DNA，而右側片段篩選將移除大於目標片段的 DNA。透過利用左側和右側片段篩選，您可以獲得更小範圍的 DNA 片段。

SPRISelect-left size selctionSPRISelect-right size selection

 

SPRISelect-overlay of left and right size selectionsSPRISelect-double size selection

 

SPRISelect-overlay of left and right size selections

 

使用 SPRISelect 試劑組對大腸桿菌片段化的 gDNA 進行雙側篩選。[圖 A] 透過一定比例左側篩選獲得主峰為 400bp 的片段。[圖B] 透過一定比例右側選擇獲得主峰為 200bp 的片段。[圖C] 左側篩選（紅色）和右側篩選（藍色）的疊加。[圖 D] 雙側篩選去除大於和小於目標的片段，並獲得 200bp-400bp 的目標片段範圍。對於所有 DNA 片段測量使用 Agilent 2100 生物分析儀高靈敏度芯片（Agilent）。波峰 35 和 10300 是內部QC。

 

可重複和可調性

SPRISelect 試劑是依照嚴格的規格要求生產的，可確保每次運行和批次間的可重複性。

使用 SPRISelect 對大腸桿菌片段化的 gDNA 進行了兩種不同的片段篩選。每個片段選擇執行三次。三個平行樣品都顯示出非常一致的片段篩選能力。（左）0.5X 左側片段篩選（右）0.5X 右側片段篩選。DNA 片段是使用安捷倫 2100 生物分析儀高靈敏度芯片（安捷倫）測量的。波峰 43 和 115 是內部QC。

SPRISelect-Size selection ration of 0.5xSPRISelect-E coli size selection-ratio 0.5x

 

（左）0.5X 左側片段篩選。（右）0.5X 右側片段篩選。

 

更少的手動操作時間

使用 SPRISelect 試劑組和另外兩個市售試劑組對大腸桿菌片段化的 gDNA 進行片段篩選對比。（左）該圖表示單側片段篩選或純化時間。單側篩選的 SPRISelect 工作流分別比供應商 A 和供應商 B 快 4.2 倍和 2 倍。（右）該圖表示雙側片段篩選的時間。用於雙側篩選的 SPRISelect 工作流分別比供應商 A 和供應商 B的同類產品快 3.8 和 2 倍。SPRISelect 在所有三個供應商同類產品中所耗處理時間最少，至少為 50%。這個時間基於手動操作 8 個樣本的片段篩選所獲得。Genomics SPRISelect Cleanup TimeGenomics SPRISelect Size Selection Time

 

SPRIselect Left 工作流程

選擇比目標更大的 DNA 片段

Genomics SPRIselect Left Side Size Selection Workflow

  1. 將 DNA 與磁珠結合
  2. 將磁珠與雜質分離
  3. 用 85% 乙醇清洗磁珠，去除雜質
  4. 將 DNA 從磁珠上洗脫
  5. 轉移到儲存盤

SPRIselect Right 工作流程

選擇比目標更小的 DNA 片段或在目標領域選擇 DNA 

Genomics SPRIselect Right Side Size Selection Workflow

  1. DNA 與磁珠結合
  2. 將上清液轉移到新孔盤
  3. 將 DNA 與磁珠結合
  4. 將磁珠與雜質分離
  5. 用 85% 乙醇清洗磁珠，去除雜質
  6. 將 DNA 從磁珠上洗脫下來
  7. 轉移到儲存盤

 

相容手動或自動化運行

使用 SPRISelect 對 8、24、48 和 96 個 DNA 樣本執行雙側篩選所需的估計手動操作時間和總時間（以分鐘為單位）。可以在 Biomek 工作站上手動或自動化執行不同的方法操作。該表表示在 Biomek i7 hybird 工作站上執行的自動化時間。顯示手動和自動化之間的時間差異。NR = 不推薦。

SPRISelect Manual Automated
Batch Size 8 Hands-on Time 10 10
Total Time 20 40
24 Hands-on Time 15 10
Total Time 25 42
48 Hands-on Time NR 15
Total Time NR 51
96 Hands-on Time NR 15
Total Time NR 60

 

用於片段篩選的產品

PART # NAME PREPS
B23317 SPRISelect Reagent 5 mL
B23318 SPRISelect Reagent 60 mL
B23319 SPRISelect Reagent 450 mL

 

 

未用於或驗證用於疾病或其他情況的診斷。
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